Anzu Hoshino hanya memerlukan 3 benda dalam hidupnya iaitu permainan video, coklat dan kucing kesayangannya. Anzu tidak seperti pelajar perempuan sekolah tinggi yang lain kerana Anzu tidak berminat dalam soal cinta. Ketika Anzu cuba bermain permainan video yang bergenre otome tetapi ia sebenarnya game bootleg. Makhuluk pelik tak halus muncul dari screen kaca tv dan memanggil Anzu sebagai subjek pertama yang akan menjalani kehidupan seperti dalam otome sebenar. Walaupun Anzu membantahnya namun 3 benda penting Anzu telah dirampas. Disebabkan cliche romantik yang telah diatur, Anzu telah bertemu Tsukasa Kazuki, seorang pelajar lelaki sekolah tinggi yang menjadi pujaan ramai gadis sekolah tinggi.
Lain Iwakura, seorang murid perempuan sekolah tinggi tinggal di rumah di kawasan perumahan kejiranan bersama keluarga pertengahan iaitu Kakak yang tak ambil peduli terhadap adiknya bernama Mika, Ibu yang tak ambil berat, Miho dan Ayah yang sangat tergila-gilakan komputer, Yasuo. Lain adalah seorang budak introvert yang kurang bersosial namun hidupnya mula berubah apabila berlaku kejadian pelik dimana seorang murid perempuan di sekolah Lain menerima email dari seseorang yang telah mati, Chisa Yomada. Lain cuba menyiasat dengan menggunakan komputer lama bagi tujuan menyemak email tersebut dan telah menerimanya. Dan dalam email tersebut Chisa menulis bahawa dia tak mati cuma mengabaikan tubuh badannya agar dapat hidup di dunia internet dimana dewa itu wujud.
Lain Iwakura, a junior high school girl, lives in suburban Japan with her middle-class family, consisting of her inexpressive older sister Mika, emotionally distant mother Miho, and computer-obsessed father Yasuo; Lain herself is awkward, introverted, and socially isolated. The status-quo of her life becomes upturned by a series of bizarre incidents that take place after girls from her school receive an e-mail from a dead student, Chisa Yomoda, and she pulls out her old computer in order to check for the same message. Lain finds Chisa telling her via email that she is not dead but has merely "abandoned her physical self" and is alive deep within the virtual realm of the Wired itself, where she claims she has found "God". From this point, Lain is caught in a series of cryptic and surreal events that see her delving deeper into the mystery of the network in a narrative that explores themes of consciousness, perception, and the nature of reality.
